Během Noci kostelů bývají od večerních až do pozdních nočních hodin pro veřejnost zdarma otevřeny některé církevní objekty. V nich organizátoři pro návštěvníky připravují zajímavé kulturně-vzdělávací a duchovní programy. 

V Děčíně mohli poutníci páteční nocí, kterých městem putovalo několik stovek, v květnu 2011 navštívit například zámeckou kapli, kostel Povýšení svatého Kříže nebo evangelický kostel.

Velký zájem o Noc kostelů byl také ve Varnsdorfu, kde se největší setkání konalo u Červeného kostela, kde na příchozí čekalo kromě promítání filmu vystoupení žáků biskupského gymnázia a základní umělecké školy.