Než se podařilo vše opravit a vyčistit, uběhla řada měsíců. Velká voda přidělala starosti také Správě železniční dopravní cesty, která se na jaře 2013 pustila do velké opravy železničního mostu přes Labe mezi děčínským hlavním a východním nádražím. Na obou březích řeky vyrostly velké podpůrné konstrukce, na kterých měl být nový most postavený.

Ocelové konstrukce nevydržely silnému proudu odolávat dlouho a zřítily se do rozvodněné řeky. „Během povodní došlo k poškození části rozestavěné stojky montážní bárky v místě soutoku řek. Vzhledem k rychlému nástupu povodňové vlny se ji už nepodařilo zcela demontovat,“ řekl v létě 2013 tehdejší mluvčí Správy železniční dopravní cesty Jakub Ptačinský.

V tu dobu však ještě nedošlo na samotnou demontáž dosluhující ocelové konstrukce. Oprava mostu se tak protáhla o přibližně tři měsíce. Pokud by ale přišly povodně jen o několik týdnů později, kdy by byl starý most už pryč, byl by Děčín dopravně rozdělen na dvě města. Během povodní totiž místo autobusů městské hromadné dopravy spojovaly oba břehy Labe vlaky přes železniční most, případně mohly využívat takzvaný triangl, tedy cestu přes Prostřední Žleb a tamní železniční most.

Vlaky tak byly stejně jako při povodních v roce 2002 páteří hromadné dopravy ve městě. Před pěti lety se sice podařilo udržet průjezd přes Nový most, a to především díky nezměrnému úsilí hasičů čerpajících na sjezdu z mostu na levém břehu vodu, nebylo však jasné, zda se podaří vodu čerpat po celou dobu povodní.

Odstraňování největších škod trvalo následující týdny, pomáhali s tím nejen hasiči, ale i dobrovolníci a vojáci, kteří byli na Děčínsko vyslaní.